Stasiun ini memiliki empat jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus untuk arah Surabaya dan jalur 3 merupakan sepur lurus untuk arah Semarang. Stasiun ini menggunakan sistem persinyalan elektrik. Saat ini tidak ada kereta api yang berhenti di stasiun ini, kecuali jika terjadi penyusulan antarkereta api.
Dahulu sekitar 1 km ke arah timur stasiun ini, sebelum Stasiun Lamongan, terdapat Halte Kruwul yang saat ini sudah tak lagi ada bekas-bekasnya.[4]
Galeri
Stasiun Surabayan saat sedang dalam proses pembangunan, 2015