Stasiun Shin-Ōtsu dibuka pada tanggal 1 Desember 1942 dengan nama Stasiun Narukami (鳴神駅code: ja is deprecated ).[1] Stasiun ini berganti nama menjadi Shin-Ōtsu pada tanggal 1 Februari 1948.[1]
Keikyū memperkenalkan penomoran stasiun pada stasiun-stasiunnya pada tanggal 21 Oktober 2010; Stasiun Shin-Ōtsu diberi nomor stasiun KK65.[2]
12Terada, Hirokazu (19 January 2013). データブック日本の私鉄[Databook: Japan's Private Railways]. Japan: Neko Publishing. hlm.233. ISBN978-4-7770-1336-4.
↑"京急線全駅にて駅ナンバリングを開始します"[Station numbering will be introduced to all stations on the Keikyu Line]. KEIKYU WEB. 25 June 2010. Diarsipkan dari asli tanggal 21 February 2014. Diakses tanggal 27 February 2023.