Stasiun ini memiliki empat jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus serta jalur 3 dan 4 merupakan sepur badug. Adapun jalur 1 tersambung dengan jalur menuju kompleks perkebunan Gunung Bayu milik PTPN IV serta Kawasan Ekonomi Khusus Sei Mangkei.
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2023.[3]