Stasiun ini memiliki 2 jalur kereta api dengan jalur 2 sebagai sepur lurus. Sekitar satu kilometer ke arah utara stasiun, terdapat percabangan menuju Depot Pertamina Labuan. Di stasiun ini pulalah, rangkaian ketel BBM yang baru diisi dari Depot Pertamina diistirahatkan dahulu sebelum ditarik ke Stasiun Medan.[3]
Galeri
Stasiun Labuhan sekitar tahun 1920 (Dok. Tropenmuseum)