Stasiun ini dibangun sebagai bagian dari jalur kereta api lintas Yogyakarta–Srandakan–Sewugalur.[3] Stasiun ini dibuka pada tanggal 21 Mei 1895 bersamaan dengan pembukaan segmen Yogyakarta–Srandakan.[4]
Bangunan stasiun ini kemudian direnovasi dengan arsitektur bergaya 1950-an seperti halnya stasiun-stasiun lainnya di Daop VI. Stasiun ini dulu ditutup sejak tahun 1976–1977 karena kebocoran pendapatan PJKA, banyaknya penumpang gelap, kekurangan biaya perawatan prasarana, jalan raya diperlebar, dan mobil makin banyak.[5]
Stasiun ini pernah pula dicatat sebagai stasiun untuk pengangkutan abdi dalem dan alat upacara untuk Labuhan. Letaknya yang persis di dekat Pendopo Kabupaten Bantul membuat pergerakan abdi dalem ke tempat labuhan menjadi lebih cepat sejak kereta api hadir di Bantul.[6]
Letak stasiun ini ada di selatan seberang Pasar Bantul. Saat ini, stasiun Bantul telah berubah menjadi bengkel dan warung makan. Warung makan itu diberi nama "Stasiun" karena agar membuktikan bahwa warung itu dulunya merupakan sebuah stasiun. Meskipun demikian, di stasiun tersebut tidak tampak bekas rel, persinyalan, ataupun tiang telegraf (untuk komunikasi).[7][8]
Percabangan menuju PG Bantul
Tempat bongkar muat barang di Pabrik Gula Bantul dengan sebuah gerbong diatas jalur rel milik NIS dengan sepur standar.
Dahulu, di sebelah selatan Stasiun Bantul terdapat percabangan jalur kereta api yang mengarah ke timur sampai ke Suikerfabriek Bantool (Pabrik Gula Bantul). Jalur relnya terletak di sebelah selatan jalan raya dan bersisian dengannya. Dalam peta Daerah Istimewa Yogyakarta tempo dulu koleksi Universiteit Leiden, jalur percabangan tersebut dimiliki oleh Nederlandsch-Indische Spoorweg Maatschappij.[9]
↑Moertjipto; Marwito, Tirun (1995). Upacara tradisional Jumenengan: arti, fungsi, dan makna lambang: suatu studi tentang tradisi Kraton Yogyakarta. Yogyakarta: Media Widya Mandala.