Pada 20 Desember2006, beberapa wartawan menemukan dokumen dari arsip komunis yang menyebutkan bahwa Uskup Agung Wielgus bekerja sama dengan Służba Bezpieczeństwa selama pemerintahan komunis di Polandia. Surat kabar Rzeczpospolita menerbitkan beberapa dokumen ini, di mana tercantum bahwa Uskup Agung Wielgus bertemu dengan agen-agen polisi sebanyak lebih dari 50 kali dalam waktu 5 tahun.
Pengunduran diri
Uskup Agung Wielgus mengaku bahwa pada 1978, ia menandatangani pernyataan kerjasama dengan dinas rahasia—karena dipaksa— ketika ia minta izin untuk pergi ke München, Jerman. Ia bersiteguh bahwa kerjasama yang ia berikan hanyalah memberi tahu agendanya dalam pertemuan-pertemuan akademis di luar negeri, dan janji untuk tidak terlibat dalam aktivitas-aktivitas antikomunisme. Ia menyangkal perannya sebagai informan.
Dokumen yang memberatkan Wielgus
Dokumen yang diterbitkan Rzeczpospolita dan surat-surat kabar lainnya memberi peran yang jauh lebih besar bagi Wielgus. Misalnya bahwa Wielgus direkrut oleh S.B. lebih dari 10 tahun sebelumnya—pada 1967, ketika ia masih mahasiswa filosofi di Lublin. Dalam dokumen lain tercantum bahwa Wielgus memberi S.B. informasi mengenai aktivitas-aktivitas di universitas tersebut. Menurut surat-surat kabar ini, nama-nama samaran Wielgus adalah Grey, Adam, dan Adam Wysocki; dan Wielgus dilatih oleh S.B. dan diberi imbalan atas kerjasamanya dengan izin untuk belajar di München.
Akibat
Seperti halnya banyak Uskup Agung Warsawa, Uskup Agung Wielgus diharapkan—sebelum pengunduran dirinya— untuk ditahbiskan sebagai Kardinal setelah pendahulunya wafat. Paus Benediktus XVI telah menerima pengunduran diri Stanislaw Wielgus.
Uskup Agung Wielgus adalah pengganti Uskup Agung Stefan Wyszynski, yang dipenjara selama bertahun-tahun dalam masa pemerintahan diktator Soviet Joseph Stalin. Warsawa juga terkenal karena pastor Jerzy Popieluszko yang dibunuh oleh dinas rahasia komunis.