Pada 1978 ia ditugasi mengajar di alma maternya, STT Jakarta, dan pada Juni1985 ia diangkat sebagai profesor dalam studi Perjanjian Lama di seminari tersebut.
Wismoady kemudian ditarik oleh Gerejanya, Gereja Kristen Jawi Wetan, dari STT Jakarta, dan diangkat sebagai Ketua Majelis Agung (Sinode) Gereja tersebut. Jabatan ini dipegangnya hingga akhir hayatnya pada 2002.
Aktivitas di luar Gereja
Selain melayani sebagai pendeta, Wismoady banyak terlibat dalam kehidupan masyarakat yang lebih luas. Ia pernah menjabat sebagai Ketua Umum Yayasan Universitas Kristen Satya Wacana, sebagai moderator Unit Program Teologi dari Dewan Gereja-gereja Asia (CCA), dan sebagai anggota Majelis Pekerja Harian PGI (2000-2005).
Selain itu, ia juga banyak terlibat dalam kegiatan dialog antar agama dengan umat Islam khususnya di Jawa Timur. Ia banyak bergaul dengan tokoh-tokoh Islam, seperti KH Abdurrahman Wahid (Gus Dur), KH Hasyim Muzadi, Prof. Dr. Nurcholish Madjid, dan lain-lainnya. Ia juga akrab dengan tokoh-tokoh agama lainnya, seperti Katolik, Buddha dan Hindu. Ia banyak berperan dalam ikut menciptakan pemahaman yang benar di antara umat beragama ketika Situbondo dan banyak daerah lainnya di Jawa Timur mengalami konflik serta pembakaran dan perusakan tempat-tempat ibadah. Aktivitasnya dalam dialog antar agama telah melahirkan inspirasi untuk mendirikan "Gerakan Penegak Moral Nasional Indonesia". Ia juga banyak menulis soal-soal kemasyarakatan dan hubungannya dengan agama di berbagai suratkabar Indonesia.
Wismoady meninggal dunia dalam sebuah kunjungan ke Belanda. Ia meninggalkan seorang istri. Mereka tidak mempunyai anak.
Bibliografi
Beberapa dari hasil karya Prof. Dr. Sri Wismoady Wahono adalah:
Di Sini Kutemukan
"Messianisme dalam Perjuangan Petani: Tinjauan dari Sisi Kekristenan" dalam Imam Ahmad, Agama dalam Tantangan Zaman, LP3ES, Jakarta, 1985