Tim ini didirikan pada 1 Mei 1921 di kota Luque dari hasil merger beberapa klub lokal, seperti Marte Atlético, General Aquino, Vencedor, dan lain-lainnya. Hanya tiga tahun setelah berdiri, Sportivo Luqueño langsung berkompetisi di Paraguayan Primera División. Mereka 3 kali berhasil menjuarai Paraguayan Primera División, antara lain di musim 1951, 1953 dan Babak Apertura 2007.
Di ajang Copa América 1999, markas mereka yang berkapasitas 25.000 penonton, Estadio Feliciano Cáceres, menjadi 1 dari 5 stadion venue Copa América 1999.
