Pada masa sebelum kemerdekaan Indonesia, Desa Sitinjo II awalnya dikenal sebagai Kampung Panji Bako. Wilayah ini dihuni dan dipimpin oleh marga Bako yang menjalankan sistem pemerintahan adat secara turun-temurun.[1]
Setelah Indonesia merdeka dan Kabupaten Dairi terbentuk, struktur administratif mengalami perubahan. Wilayah Panji Bako kemudian menjadi bagian dari Desa Sitinjo Punguan Nauli (yang selanjutnya dikenal sebagai Desa Sitinjo) di bawah Kecamatan Sidikalang.[1]
Pada tahun 2005, Pemerintah Kabupaten Dairi mengesahkan pemekaran wilayah yang menghasilkan pembentukan Kecamatan Sitinjo. Dalam proses tersebut, Desa Sitinjo dimekarkan menjadi beberapa desa, salah satunya adalah Desa Sitinjo II.[1]
Daftar kepala desa yang pernah menjabat di Desa Panji Bako
Mayoritas penduduk Desa Sitinjo II adalah Suku Batak Toba. Selain itu, terdapat juga etnis Batak Pakpak, Batak Karo, Batak Simalungun, dan suku-suku non-Batak. Estimasi jumlah etnis Batak Pakpak di Desa Sitinjo II adalah sekitar 20% dari total populasi desa, yang mayoritasnya merupakan marga Bako.
Agama
Mayoritas penduduk Desa Sitinjo II memeluk agama Kristen.