Siampapaga sendiri merupakan salah satu sub-marga dari marga Nainggolan yang mana silsilahnya adalah sebagai berikut:
Toga Nainggolan memiliki dua orang putra yaitu Sibatu dan Sihombar. Kemudian Sibatu menikah dengan Boru Limbong dan memiliki dua orang putra, yaitu Sibatuara yang menjadi leluhur marga Sibatuara dan Parhusip.
Sibatuara menikah dengan Boru Malau dan memiliki seorang putra yang bernama Ompu Lopian, kemudian Ompu Lopian menikah dengan Boru Simbolon dan memiliki seorang putra yang bernama Ama ni Lopian. Ama ni Lopian sendiri menikah dengan Boru Simbolon Sirimbang dan memiliki seorang putra yang bernama Lopian/Ompu Humorna, kemudian Lopian/Ompu Humorna menikah dengan Boru Lumbansiantar dan memiliki seorang putra yang bernama Pangulu Raja. Adapun terdapat kemungkinan bahwasanya Lopian/Ompu Humorna yang menjadi orang pertama yang menikahi sesama keturunan Toga Nainggolan atau yang pertama kali memulai kebiasaan masibuatan di antara keturunan Toga Nainggolan.
Siampapaga yang sebagian keturunannya membawa marga Siampapaga.
Ragam penulisan
Dalam alfabet Latin, marga Siampapaga ditulis dalam beragam variasi karena pengaruh perbedaan fonem antara bahasa Batak Toba dengan bahasa Indonesia. Beberapa variasinya, antara lain: