Sebastián Beccacece mengawali karier sepak bolanya bersama klub Lavalle sebelum bergabung dengan Juan XXIII pada tahun 1995. Ia bermain sebagai bek kanan, tetapi tidak pernah berkarier sebagai pemain profesional dan kemudian beralih ke dunia kepelatihan pada usia muda.
Pelatih
Beccacece memulai karier sebagai pelatih kepala bersama Universidad de Chile pada tahun 2016. Pada tahun yang sama, ia ditunjuk sebagai pelatih Defensa y Justicia, klub yang kemudian kembali ia tangani pada dua periode berikutnya, yakni 2018–2019 dan 2021–2022.
Di antara masa kepelatihannya di Defensa y Justicia, Beccacece menangani Argentina U-20 pada periode 2017–2018. Selanjutnya, ia melatih Independiente pada tahun 2019, Racing Club pada periode 2020–2021, dan Elche pada periode 2023–2024.