Ini adalah nama Melayu; nama "Ismail" merupakan patronimik, bukan nama keluarga, dan tokoh ini dipanggil menggunakan nama depannya, "Pudin ". Kata bin (b.) atau binti (bt.), jika digunakan, berarti "putra dari" atau "putri dari".
Saifuddin merupakan keturunan dari Mandailing di Sumatera Utara, Indonesia. Hal ini diperkuat terkait pemberian marga Nasution pada namanya. Ayahnya, Ismail Nasution bin Kulong Harun Nasution berasal dari Kampung Ujung Lombang, Langga Payung yang berpindah dan bermukim ke Singapura sekitar tahun 1950-an, sebelum akhirnya berpindah ke Kedah, Malaysia.[4]