Kecamatan Sabu Timur terbagi menjadi 2 kelurahan dan 8 desa. Kedua kelurahannya yaitu Kelurahan Bolou dan Kelurahan Limaggu. Sedangkan kedelapan desanya yaitu Desa Keliha, Desa Bodae, Desa Keduru, Desa Loborai, Desa Loboadju, Desa Lobodei, Desa Huwaga, dan Desa Eiada.