SMP Negeri 13 Surabaya didirikan pada tanggal 5 Juli 1977. Saat awal berdiri, sekolah ini menggunakan bangunan bekas SD Jemursari (sebelumnya dikenal sebagai SD Wisma Surya karena berlokasi di proyek perumahan PT Wisma Surya) selama dua tahun, dari tahun 1977 hingga 1979. Pada bulan Juli 1979, sekolah dipindahkan ke lokasi yang digunakan saat ini. Lokasi baru seluas 5.085 m2 tersebut awalnya adalah area persawahan yang jarang dilewati dan sering mengalami genangan banjir.[2]
Awalnya, SMP Negeri 13 hanya memiliki tiga ruang belajar. Seiring waktu, jumlah ruang kelas berkembang secara bertahap, mencapai 6, 9, dan akhirnya 18 ruang. Sayangnya, kondisi bangunan pada masa itu tidak teratur dan kurang memadai untuk mendukung proses pembelajaran yang optimal.[2]
Menyadari kebutuhan ini, Pemerintah Kota Surabaya mulai melaksanakan rehabilitasi total bangunan yang berlangsung dalam empat tahap berturut-turut dari Tahun 2010 hingga 2013. Hasilnya adalah terbentuknya gedung sekolah tiga lantai yang kini representatif dan dilengkapi dengan berbagai sarana memadai, seperti 31 ruang kelas, perpustakaan, laboratorium IPA, empat ruang laboratorium komputer, lapangan olahraga, dan fasilitas pendukung lainnya.[2]
Visi dan Misi
Visi
Unggul, berdaya saing global, berjiwa pancasila dan berwawasan lingkungan[3]
Misi
Menumbuhkembangkan karakter beriman, bertakwa kepada Tuhan YME, dan berakhlak mulia;[3]
Menumbuhkembangkan karakter cinta tanah air dan siap berkompetisi secara global;[3]
Menumbuhkembangkan karakter kepedulian terhadap sesama;[3]
