Bermula dari Sekolah Pendidikan Guru Percobaan yang diselenggarakan oleh Fakultas Sastra Pedagogik dan Filsafat Universitas Gadjah Mada, yang berdiri tanggal 1 September 1952, berdasarkan SK Menteri Pendidikan Pengajaran dan Kebudayaan RI Nomor: 38115 / Kab. tertanggal 21 Oktober 1952.
Terhitung mulai tanggal 1 Juli 1974 SPG Percobaan IKIP Negeri Yogyakarta pindah lokasi di Jalan P.Senopati No.46 Yogyakarta. Berdasarkan SK Mendikbud Nomor: 0426/O/1991 tertanggal 15 Juli 1994, SPG Percobaan IKIP Negeri Yogyakarta beralih status menjadi SMA Negeri 12 Yogyakarta.
Pada tanggal 1 Juli 1995, SMA Negeri 12 Yogyakarta, pindah lokasi di Glondong, Wirokerten, Banguntapan, Bantul. Untuk selanjutnya, berdasarkan Surat Keterangan Mendikbud RI Nomor: 035/O/1997, mulai tanggal 7 Maret 1997 SMA Negeri 12 Yogyakarta berubah menjadi SMU Negeri 2 Banguntapan dan selanjutnya tahun 2004 menjadi SMA 2 Banguntapan sampai sekarang.
Prestasi
Prestasi Tingkat Internasional
Medali Emas dalam olahraga sepak bola di Thailand yang diselengarakan oleh Khanom Sport Fase 2023 (Zaihan Riski Ramadhan)
Medali Perak dalam bidang Karate (Magelang International Champhionship), Medali Perunggu dalam kejuaraan Karate yang diselengarakan komite MIC 2023 (Azahra Megantara)
