Awal berdirinya SMA Negeri 1 Pakem bermula dari Universitas Gadjah Mada, salah satu perguruan tinggi ternama di Indonesia yang berada di Yogyakarta yang memiliki beberapa fakultas, salah satunya adalah fakultas Pedagogi (fakultas ilmu pendidikan) atau FIP UGM. FIP UGM memisahkan diri menjadi IKIP Negeri Yogyakarta yang terletak di Karangmalang dan sekarang menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY). Untuk mengembangkan kualitas Fakultas Pedagogi (FIP) memerlukan tempat untuk penelitian, eksperimen, dan tempat latihan mengajar, maka didirikan beberapa sekolah salah satunya adalah SMA Pedagogi (FIP) yang kemudian bernama SMA IKIP III Yogyakarta yang sekarang bernama SMA Negeri 1 Pakem.
Pra-SMA III FIP IKIP Yogyakarta
Pada tahun 1964 di Kecamatan Pakem terdapat 6 SMP dan 2 SGB, maka perlu dipikirkan adanya SMA untuk menampung kelanjutan studi para siswa pada sekolah-sekolah tersebut. Untuk kepentingan itu beberapa tokoh masyarakat berinisiatif untuk mendirikan SMA. Mengingat di Pakem sudah ada SD FIP IKIP, dan SMP FIP IKIP, maka pemegang inisiatif di atas mengusulkan berdirinya SMA kepada Balai Penelitian Pendidikan FIP IKIP selaku pengelola SD FIP IKIP, dan SMP FIP IKIP. Usulan tersebut diterima dengan syarat bahwa pemerintah kelurahan bersedia menyiapkan fasilitas gedung sekolah beserta kelengkapanya termasuk lahan. Dengan modal kemauan yang keras tokoh masyarakat dan bantuan lainnya yang dapat terkumpul oleh panitia pendiri SMA yang diketuai langsung oleh Bapak Lurah Pakembinangun, maka panitia segera menyiapkan program – program untuk memperoleh sarana yang harus dipersiapkan, sedang di lain pihak FIP IKIP Yogyakarta menyusun formasi guru dan pimpinannya sebagai Pejabat Kepala Sekolah yang didampingi suatu Presidium.
Pendirian SMA III FIP IKIP Yogyakarta
Pada tanggal 13 Agustus 1964 diselenggarakan rapat berdirinya SMA. Panitia pendiri menyerahkan segala sarana dan perlengkapannya kepada FIP IKIP Yogyakarta yang dalam hal ini ditangani oleh Bapak Rektor dan jajarannya. Akhirnya tanggal 13 Agustus 1964 ditetapkan sebagai Hari Lahirnya SMA III FIP IKIP Yogyakarta yang sekarang bernama SMA Negeri 1 Pakem
Pada tahun pertama SMA III FIP IKIP Yogyakarta menampung siswa kelas I sebanyak 2 kelas, pada tahun kedua menampung empat kelas yaitu kelas I dan kelas II. Kegiatan belajar mengajar dilaksanakan pada sore hari menggunakan gedung SMP III FIP IKIP Yogyakarta di Tegalsari Jl. Kaliurang KM. 17,5 Pakem (Gedung SMA Negeri 1 Pakem yang sekarang ini).
Meletusnya peristiwa G.30 S/PKI menyebabkan kegiatan belajar agak terganggu sehingga para pemuka masyarakat dan tokoh pendidikan berusaha untuk menyelamatkan kelangsungan SMP FIP IKIP dan SMA FIP IKIP dengan menyelenggarakan rapat kilat pada tanggal 28 Oktober 1965 antara Balai penelitian Pendidikan IKIP dengan pihak SMP FIP IKIP dan SMA FIP IKIP, berhasil menyusun formasi guru dan memilih Kepala sekolah.
Sejarah telah mencatat bahwa sejak tahun 1971 s.d 1986 sekolah ini berfungsi sebagai eksperimen inovasi pendidikan di Indonesia. Eksperimentasi yang pernah dilakukan di sekolah ini antara lain.
Sebagai sekolah percobaan yang berjenjang 4 tahun, dari kelas IX sampai dengan kelas XII dengan pola jurusan Streem, ada 3 streem yang penjurusannya mulai kelas X ialah:
Streem Akademis, untuk siswa yang akan melanjutkan ke perguruan tinggi
Streem Pertanian, untuk siswa yang akan bekerja atau melanjutkan ke akademi pertanian
Streem Tata Niaga, untuk siswa yang akan bekerja atau melanjutkan ke akademi
Sebagai sekolah laboratorium
Tahun 1974 s.d 1986 sekolah ini merupakan salah satu dari 8 sekolah laboratorium tersebar di Indonesia. Ke-8 sekolah proyek ini ada di Jakarta, Bandung, Semarang, Yogyakarta (SMA Negeri 1 Pakem), Surabaya, Malang, Ujung Pandang, dan Padang. Sekolah ini telah berperan dalam pelaksanaan eksperimentasi pendidikan nasional yang multi demensial, karena eksperimentasi itu meliputi seluruh elemen pendidikan. Modul sebagai media proses belajar mengajar dikelas, yang sekarang ini dikembangkan oleh pemerintah dalam rangka peningkatan mutu pendidikan.
Pergantian Nama SMA Negeri 1 Pakem
Perubahan nama sekolah:
Tahun 1964 s.d 1965: SMA III FIP IKIP Yogyakarta
Tahun 1966 s.d 1970: SMA III IKIP Yogyakarta
Tahun 1971 s.d 1972: SMA Percobaan III IKIP Yogyakarta
Tahun 1973 s.d 1974: Sekolah Menengah Pembangunan IKIP Yogyakarta
Tahun 1975 s.d 1986: SMA Negeri III IKIP Yogyakarta
Tahun 1987 s.d 1995: SMA Negeri Pakem, Sleman, yogyakartga
Tahun 1996 s.d 2003: SMU Negeri 1 Pakem, Sleman, Yogyakarta
Tahun 2004 s.d sekarang: SMA Negeri 1 Pakem, Sleman, Yogyakarta
Daftar Kepala Sekolah
Kinardi: Pjs. Kepala Sekolah 13 Agustus 1964 s.d 30 September 1965
Suharsono: Pjs. Kepala Sekolah 1 April 1965 s.d 31 Desember 1967
Suharsono: Kepala Sekolah 1 Januari 1968 s.d 30 Juni 1973
Kasnawi Budi S, BA: Kepala Sekolah tahun 1 Juli 1973 s.d 1980
Drs. J Sukidjo DS: Kepala Sekolah tahun 1981 s.d 1989
Drs. A Sukohardi: Kepala Sekolah tahun 1990 s.d 1994
Drs. Suhartono: Kepala Sekolah tahun 1995 s.d 1996
Drs. Bashori Muhammad: Kepala Sekolah tahun 1996 s.d 1998
Drs. Sadali: Kepala Sekolah tahun 1998 s.d 2001
Drs. Sukardi: Kepala Sekolah tahun 2001 s.d 4 Agustus 2011
Drs. Agus Santosa: Kepala Sekolah mulai 5 Agustus 2011 s.d 2016
SMA Negeri 1 Pakem mempunyai prestasi akademik maupun non akademik sangat baik. SMA Negeri 1 Pakem meraih banyak juara dalam lomba-lomba akademik dan non akademik seperti lomba olahraga dan lomba olimpiade. Setiap tahunnya SMA Negeri 1 Pakem selalu meraih juara dalam lomba tersebut. Pada tahun 2013, SMA Negeri 1 Pakem meraih juara 1 lomba olimpiade se-kabupaten sleman. Tidak hanya itu, Pada tahun 2012 SMA Negeri 1 Pakem juga meraih juara 1 se-Provinsi.
Ekstrakulikuler
Ekstrakurikuler di SMA Negeri 1 Pakem terbagi dalam dua kelompok yaitu ekstrakurikuler wajib dan ekstrakurikuler pilihan. Adapun ekstrakurikuler wajib antara lain adalah sebagai berikut,