Jaringan Munich S-Bahn dioperasikan oleh S-Bahn München, divisi dari DB Regio Bayern yang juga merupakan divisi dari Deutsche Bahn, perusahaan kereta nasional Jerman. S-Bahn saat ini terintegrasi dengan Munich Transport and Tariff Association (Münchner Verkehrs- und Tarifverbund, MVV) dan terhubung ke seluruh kota dengan Munich U-Bahn. Saat ini, S-Bahn hampir dapat menjangkau seluruh bagian metropolitan Munich yang berpenduduk sekitar 2,7 juta jiwa.
(+) dijalankan kereta tambahan secara situasional untuk memperkecil jeda waktu
Sejak perubahan Gapeka pada 15 Desember 2025, lin S7 merupakan satu-satunya yang tidak masuk ke terowongan Stammstrecke dan berakhir hanya di Stasiun Utama Munich. Sebagai gantinya, pada petak Hauptbahnhof-Kreuzstrasse kini dijalankan kembali lin S5.[2]