Setelah Pertempuran Priestella, nama Julius terserap oleh Roy Alphard, sehingga ia dilupakan oleh semua orang kecuali Subaru. Untuk menyembuhkan Julius, bersama trio Gluttony dan korban-korban Capella Emerada lainnya, Anastasia mengusulkan untuk mencari Sang Bijak legendaris, Shaula. Subaru, Emilia, Beatrice, Anastasia, dan Julius kembali ke kediaman Roswaal untuk mempersiapkan perjalanan ke Menara Pengawas Pleiades, tempat Shaula konon tinggal. Dalam perjalanan, Subaru juga menyimpulkan bahwa roh buatan yang terikat kontrak dengan Anastasia sedang merasuki dirinya—salinan Echidna dalam wujud rubah, yang dijuluki Subaru sebagai "Foxidna". Foxidna menjelaskan bahwa kesadaran Anastasia telah tertidur dan penguasaan tersebut secara bertahap menghabiskan tenaga hidupnya; oleh karena itu, ia mencari Shaula untuk mencari cara membangunkannya. Setelah tiba di kediaman, Subaru dengan enggan memutuskan untuk membawa Rem yang koma dalam perjalanan tersebut, ingin berada di sana saat ia bangun. Ia juga merekrut Meili untuk membantu menyeberangi Gurun Auguria yang dipenuhi mabeast di sekitar Menara Pengawas.

---

Sementara itu, di Priestella, Garfiel dan Mimi mengunjungi ibu Garfiel dan menjalin kedekatan dengan anak-anak barunya, Fred dan Rafiel, sebelum akhirnya berpisah.

Dengan Ram yang ikut serta dalam perjalanan, rombongan Subaru berangkat menuju Gurun Auguria. Saat melintasi gurun dan melihat menara pengawas di kejauhan, rombongan itu terjebak dalam badai pasir yang membuat mereka berputar-putar tanpa arah, hingga Ram menggunakan kemampuan clairvoyance-nya pada seekor burung untuk memandu mereka ke tempat yang aman. Sayangnya, mereka mendapati diri mereka dikelilingi oleh sekelompok mabeast. Meili awalnya berhasil membuat mereka jinak, tetapi ketika naga darat milik Julius, Joseph, menjadi panik, rombongan itu terpaksa melarikan diri dari mabeast yang mengamuk; dalam prosesnya, Subaru melihat kilatan cahaya dari menara sebelum kepalanya langsung tertembak. Setelah respawn beberapa saat sebelum pengejaran, Subaru, Beatrice, dan Patrasche mengambil rute berbeda menuju menara, tetapi hal ini mengakibatkan ketiganya tewas oleh kilatan cahaya yang sama. Setelah respawn lagi, Subaru menggunakan Invisible Providence untuk menenangkan Joseph dan meredakan situasi. Kali ini, kemampuan clairvoyance Ram mendeteksi target Subaru, memungkinkan Emilia dan Julius untuk menangkis tembakan pertama. Subaru dan Beatrice menggunakan medan anti-sihir untuk menetralkan tembakan kedua, tetapi sebagai efek samping, tanah di bawah mereka tertekuk, menyebabkan kelompok tersebut terjatuh ke bawah tanah.

Subaru terbangun dan mendapati dirinya berada di sebuah gua bawah tanah bersama Ram, Foxidna, dan naga daratnya, Patrasche. Saat mencari jalan keluar, mereka sampai di persimpangan dan memilih belok ke kanan. Dalam perjalanan, mereka menjumpai beberapa pintu tertutup yang secara misterius terbuka saat Subaru menyentuhnya, hingga akhirnya mereka sampai di sebuah pintu yang entah mengapa tak mau terbuka. Pada saat yang sama, kelompok itu merasa lelah dan cemas secara aneh, yang memicu perkelahian antara Subaru dan Ram, hingga Foxidna menusuk Ram hingga tewas. Namun, Ram selamat dan membelah tubuh Foxidna, membunuhnya. Patrasche kemudian membunuh Ram sebelum dia bisa membunuh Subaru, namun naga darat itu berbalik menyerang Subaru dan membunuhnya sendiri. Kembali ke saat ia pertama kali terbangun, Subaru menyimpulkan bahwa jalur kanan dipenuhi miasma yang memicu kegilaan, sehingga ia meyakinkan yang lain untuk mengambil jalur kiri kali ini. Namun, hal ini membuat mereka berhadapan dengan mabeast mirip centaur, yang dengan mudah mengalahkan mereka dan hampir membunuh Ram. Untungnya, seorang gadis aneh muncul dan membunuhnya dengan mudah, setelah itu Subaru dan Ram ambruk karena kelelahan.

Setelah mengalami mimpi aneh yang menampilkan orang-orang yang faktor sihirnya telah diserapnya—Satalla, Petelgeuse, dan Regulus—Subaru terbangun di menara pengawas dan mendapati bahwa kelompoknya telah berkumpul kembali dengan yang lain. Ia kemudian bertemu dengan gadis yang menyelamatkannya, yang salah mengira dirinya sebagai "gurunya", yang kembalinya telah ditunggunya selama 400 tahun, akibat miasma dari kematian-kematiannya yang baru-baru ini. Gadis itu memperkenalkan dirinya sebagai Shaula, namun ia menjelaskan bahwa, bertentangan dengan keyakinan umum, ia hanyalah murid sang bijak; sang Bijak yang sebenarnya adalah tuannya, seorang pria bernama Flugel. Meskipun Shaula tidak dapat membantu mereka, rombongan itu menyimpulkan bahwa mereka mungkin dapat memperoleh pengetahuan yang mereka cari dari perpustakaan menara. Namun, mereka menemukan bahwa untuk mengaksesnya, mereka harus memecahkan teka-teki yang ditinggalkan oleh Flugel: "Siapakah pahlawan yang dikalahkan Shaula"? Sementara yang lain tidak dapat memahaminya, Subaru menyimpulkan bahwa teka-teki tersebut merujuk pada bintang Shaula dan menyimpulkan bahwa pahlawan tersebut adalah Orion dari mitologi Yunani. Setelah memecahkan teka-teki tersebut, kelompok itu kemudian diteleportasi ke perpustakaan.

Di perpustakaan, Subaru membuka sebuah buku berjudul "Typhon" dan disuguhi kenangan Penyihir Kesombongan: dibesarkan oleh seorang algojo, ia mengembangkan moralitas yang menyimpang yang membuatnya mampu memancarkan kekuatan untuk menghancurkan siapa pun yang menganggap diri mereka sebagai "pendosa". Menyimpulkan bahwa buku-buku ini berisi kenangan orang yang telah meninggal, dan mereka hanya dapat membaca kenangan orang-orang yang mereka kenal secara pribadi, kelompok itu mencari buku di perpustakaan yang berisi jawaban yang mereka cari, tetapi tidak menemukan apa pun. Secara bersamaan, Subaru berusaha menjalin ikatan dengan Meili, yang membuat Meili mengungkapkan bahwa ia ditinggalkan oleh orang tuanya dan dibesarkan oleh mabeasts. Foxidna juga menyimpulkan bahwa menara ini memiliki aturan, dan Shaula diikat kontrak untuk membunuh siapa pun yang melanggarnya: 1. mereka tidak boleh pergi sebelum menyelesaikan semua ujian; 2. mereka tidak boleh melanggar aturan; 3. mereka tidak boleh merusak perpustakaan; 4. mereka tidak boleh merusak menara. Menyimpulkan bahwa menyelesaikan ujian adalah satu-satunya pilihan mereka, kelompok itu menjalani ujian kedua di lantai berikutnya: duel melawan sosok yang diwujudkan oleh menara, yang menyebut dirinya "Stick Swinger".

Julius menerima tantangan Stick Swinger, tetapi kalah telak meskipun Foxidna berusaha membantunya dengan sihir. Emilia kemudian mengikuti ujian dan berhasil menyerang Stick Swinger saat ia lengah, setelah itu ia mengumumkan bahwa Emilia lulus dan mengizinkannya naik ke lantai atas. Setelah itu, karena yang lain ditolak aksesnya hingga mereka lulus juga, kelompok itu pindah ke lantai lain untuk membahas strategi, di mana Shaula mengungkap identitas Stick Swinger: leluhur keluarga Astrea—santo pedang asli, Reid Astrea. Sementara itu, Julius, yang sudah menebak identitas Reid, melarikan diri dan mengikuti ujian lagi, namun santo pedang itu terus mengalahkannya, semakin meruntuhkan harga dirinya setelah namanya "dimakan". Pada akhirnya, Subaru tiba dan membawa Julius yang terluka bersamanya. Meskipun awalnya Julius menolak bantuan Subaru, ia akhirnya menyerah ketika Subaru tetap bersikeras. Julius kemudian teringat saat Subaru pertama kali menyatakan dirinya sebagai "ksatria Emilia", yang meskipun membuat marah para ksatria lain yang hadir, sebenarnya menyentuh hatinya.

Setelah luka-luka Julius dirawat, Subaru memeriksa keadaan teman-temannya dan setuju untuk berjaga saat mereka tidur, namun akhirnya ia pun tertidur. Saat terbangun, ia mendapati Foxidna telah pergi dan akhirnya menemukannya di atas balkon dengan mengikuti salah satu burung yang bersarang di menara. Kini berdua saja, mereka secara terbuka mengungkapkan ketidakpercayaan satu sama lain, dengan Subaru waspada bahwa Foxidna adalah salinan Echidna sementara Foxidna curiga terhadap asal-usulnya yang tidak diketahui. Julius kemudian menemukan mereka dan, setelah mendengar mereka membicarakan kondisi Anastasia, menuntut penjelasan. Hal ini membuat Foxidna jujur kepada Julius, membuatnya mengalah namun juga membuatnya sedih karena gagal menyadari kondisi tuannya. Setelah Julius dan Foxidna pergi, Subaru memikirkan cara untuk lulus ujian Reid dan bergegas ke perpustakaan setelah mendapat ide. Keesokan harinya, Subaru yang pingsan dibangunkan oleh Emilia dan Beatrice, tetapi ia tidak mengenali mereka. Subaru menyadari bahwa ia berada di dunia lain, sepertinya telah kehilangan semua ingatannya sejak dipindahkan dari Bumi.

Meskipun menyimpulkan dari reaksi Emilia dan Beatrice bahwa ia menderita amnesia, Subaru tetap merasa bersemangat berada di dunia lain. Namun, saat diperkenalkan kembali kepada rekan-rekannya, Julius dan Ram sama-sama merasa hancur karena ia dan Rem kini seolah-olah telah dilupakan oleh semua orang. Foxidna juga mengungkapkan kebenaran mengenai dirinya dan situasi Anastasia. Setelah mengetahui bahwa dia pingsan di perpustakaan, Subaru pergi ke sana dengan harapan menemukan penyebab amnesianya. Namun, di tengah perjalanan, seseorang mendorongnya jatuh dari tangga, yang mengakibatkan kematiannya. Saat bangun kembali, Subaru meyakini bahwa dia mengalami mimpi yang bersifat ramalan dan mengulangi siklus sebelumnya hingga bagian tangga, namun tidak berhasil menemukan penyerangnya. Memutuskan untuk bergabung kembali dengan yang lain, dia berlari kembali setelah mendengar mereka menyebutnya sebagai beban, dan sekali lagi didorong jatuh dari tangga. Setelah terlahir kembali lagi, Subaru mengalami gangguan mental dan melarikan diri, hanya untuk dipukuli oleh Reid setelah secara tidak sengaja memasuki ujiannya dan dibungkam oleh Satella saat ia berbicara tentang kematiannya. Setelah ditemukan oleh Emilia dan lukanya disembuhkan, Subaru menyimpulkan mekanisme Return by Death dan melarikan diri dari menara, tanpa sadar melanggar aturannya. Sementara itu di perpustakaan, Shaula tiba-tiba pingsan.

Subaru diserang oleh mabeast saat keluar dari menara dan diselamatkan oleh Shaula. Namun, ia kemudian terjatuh ke dalam lubang tanah dan pingsan sejenak. Saat terbangun di lorong bawah tanah yang dipenuhi miasma, ia mendapati dirinya dikelilingi oleh mayat-mayat mabeast dan kini mampu membuka tiga pintu di sana, bukan hanya dua seperti sebelumnya, sebelum tiba-tiba diteleportasi kembali ke menara. Dipengaruhi oleh miasma, Subaru yang paranoid bertekad untuk membunuh teman-temannya. Namun, ia sadar kembali setelah mengetahui bahwa Shaula, Ram, Julius, Meili, dan Foxidna semuanya telah tewas, membuatnya meragukan apakah salah satu dari mereka adalah penyerangnya. Menara itu kemudian mulai hancur saat Subaru diejek dan dibunuh oleh Rem yang tampaknya kini telah terbangun. Di putaran berikutnya, Subaru menyembunyikan amnesianya dan menyelidiki teman-temannya untuk mencari tanda-tanda penyerangnya. Namun, ia pingsan lagi saat berbincang dengan Meili sebelum terbangun dan mendapati bahwa ia tampaknya telah membunuhnya, dengan kata-kata "Subaru Natsuki pernah ke sini" terukir di lengan bawahnya.

Karena meyakini bahwa kesadaran "Subaru yang asli" sempat kembali sejenak dan membunuh Meili, Subaru menyembunyikan jenazahnya sebelum ditegur oleh Emilia, yang telah menyadari ada yang tidak beres dan menyuruhnya untuk menceritakan semuanya kepadanya. Namun, yang lain kemudian memberi tahu mereka bahwa perpustakaan telah memunculkan "Kitab Kematian" Meili, yang mengungkap nasibnya. Untuk menyembunyikan keterlibatannya, Subaru menawarkan diri untuk membaca buku tersebut: dibesarkan oleh mabeasts dan direkrut ke dalam organisasi pembunuh oleh Elsa dan pemimpin mereka, Capella, Meili bergabung dalam ekspedisi karena tidak tahu harus berbuat apa lagi setelah ditangkap selama penyerbuan ke mansion Roswaal hingga malam sebelumnya, ketika Subaru yang bertingkah aneh menyuruhnya untuk "mengikuti keinginannya", yang berujung pada pembunuhan Meili olehnya setelah ia mulai bertingkah aneh lagi saat Meili mencoba melanjutkan percakapan mereka. Setelah itu, Subaru dihantui oleh bayangan Meili sementara yang lain mencari jenazahnya tanpa hasil. Ia juga mempertimbangkan untuk membunuh yang lain dan membaca buku mereka untuk mengetahui apa yang sebenarnya mereka pikirkan tentang dirinya. Malam itu, Subaru memeriksa jenazah Meili dan mendapati bahwa jenazah itu telah hilang sebelum dihadapkan oleh Ram, yang menuduhnya sebagai penipu.

Subaru mengungkapkan bahwa ia menderita amnesia setelah ditahan oleh Emilia saat ia menyerang Ram. Namun, meski Emilia mempercayainya, Ram tidak, sehingga kedua gadis itu pun bertengkar. Terpukul pingsan di tengah pertikaian itu, Subaru kemudian terbangun sendirian dan mendapati menara sedang diserang oleh mabeast. Julius menghadapi mereka hingga Reid—yang sebelumnya terkurung dalam ujiannya namun kini bisa bergerak bebas—membunuh mereka semua dan melanjutkan duelnya dengan Julius. Subaru bertemu dengan Beatrice dan Foxidna sebelum diserang oleh mabeast kalajengking, yang mengakibatkan kedua gadis itu tewas saat mengusir makhluk tersebut. Pada saat yang sama, Meili khayalan terus mengejek Subaru. Satella kemudian muncul dan mulai melahap Subaru dengan miasmanya, tetapi Emilia menyelamatkannya. Namun, Subaru sudah putus asa, mengakui bahwa kecurigaannya terhadap yang lain salah dan kini hanya ingin mati. Menanggapi hal itu, Emilia menceritakan kepadanya segala hal yang telah mereka lalui. Namun, ia merasa dirinya tidak mampu mencapai prestasi semacam itu hingga Emilia menyatakan cintanya kepadanya, membuatnya menyadari apa yang telah berubah sejak datang ke dunia ini: ia telah jatuh cinta pada Emilia. Miasma itu kemudian melahap mereka, membunuh keduanya. Setelah itu, setelah terlahir kembali, Subaru bersumpah untuk menyelamatkan semua orang kali ini.