Tidak seperti museum seni nasional Jepang lainnya, NACT adalah 'museum kosong', tanpa koleksi, pajangan permanen, dan kurator. Seperti Kunsthalle di wilayah berbahasa Jerman, museum ini menampung pameran sementara yang disponsori dan dikuratori oleh organisasi lain.[2] Kebijakan ini telah berhasil. Pada tahun fiskal pertamanya pada tahun 2007, museum ini menyelenggarakan 69 pameran yang diselenggarakan oleh kelompok seni dan 10 pameran yang diselenggarakan oleh NACT. Pameran Monet, yang diadakan antara 7 April dan 2 Juli 2007, merupakan pameran kedua yang paling banyak dikunjungi tahun itu, tidak hanya di Jepang tetapi juga di dunia.[3]
Identitas visual grafisnya dikembangkan oleh desainer grafis Kashiwa Sato dari Samurai Inc. yang berkantor pusat di Tokyo.
