Halte Pondok Pinang memiliki struktur bangunan yang serupa dengan Halte Pasar Baru sebelum direnovasi. Halte ini merupakan halte sisi jalan berukuran sedang dan memiliki 3 pintu dermaga. Akses menuju halte pun dapat ditempuh melalui rampak yang ada di sisi utara halte.
Timur
Peron sisi, pintu peron terbuka di sisi kanan arah perjalanan