Desa Pesanggrahan terbagi menjadi 2 dusun/pedukuhan, yakni:
Jrakahsari
Pesanggrahan
Pendidikan
Di Desa Pesanggrahan terdapat 2 lembaga pendidikan berbasis pesantren. Pertama Pondok Pesantren Faidhul Qadhir yang berafiliasi dengan organisasi Rifa'iyah. Kedua, Pondok Pesantren Tahfidz Al-Qur'an Al Fatah Pekalongan, yang mengkhususkan pada pendidikan Al Qur'an.
Pondok Pesantren Tahfidz Al-Qur'an Al Fatah Pekalongan adalah salah satu dari sekian cabang Pesantren Yayasan Shuffah (Hizbullah) Al Fatah yang tersebar di seluruh Indonesia.
