Perpustakaan Nasional Filipina bisa menelusuri sejarahnya pada berdirinya Museum-Biblioteca de Filipinas (Museum-Perpustakaan Filipina), yang didirikan melalui suatu perintah kerajaan dari pemerintah Spanyol pada 12 Agustus 1887.[5][6] Museum perpustakaan ini dibuka pada 24 Oktober 1891 di Intendencia di Intramuros, kemudian menjadi tempat Pencetakan Uang Logam Manila (sebagai Casa de la Moneda), dengan sekitar 100 jilid dan dengan Julian Romero dan Benito Perdiguero masing-masing sebagai direktur dan arsiparis-pustakawan.[5]
Romero mengundurkan diri pada tahun 1893 dan sempat digantikan oleh Tomas Torres dari Escuela de Artes y Ofícios di Bacolor, Pampanga (sekarang Universitas Negeri Teknologi Don Honorio Ventura), yang kemudian digantikan oleh Don Pedro A. Paterno pada 31 Maret 1894. Pada saat itu, perpustakaan telah pindah ke sebuah lokasi di Quiapo dekat lokasi Masjid Al-Dahab sekarang. Kemudian, Paterno menerbitkan edisi pertama Boletin del Museo-Biblioteca de Filipinas (Buletin Museum-Perpustakaan Filipina) pada 15 januari 1895.[5]
123Morallos, Chando P. (1998). Treasures of the National Library: A Brief History of the Premier Library of the Philippines. Manila: Quiapo Printing. ISBN971-556-018-0.