Pada tahun 1874, Raja Tofa merebut kekuasaan Porto-Novo dan mendapat perlindungan dari Prancis setelah mereka diserbu oleh Dahomey pada tahun 1882.[1] Dahomey meneruskan serangannya yang memicu insiden yang memulai perang ini. Pada Maret 1889, pasukan Dahomey menyerang sebuah desa di Ouémé walaupun kepala desanya mendapat perlindungan oleh Prancis.[2] Setelah berkata bahwa bendera Prancis akan melindunginya, pasukan suku Fon memerintahkan salah satu prajurit Amazon Dahomey untuk memenggalnya dan membungkus kepalanya dengan bendera tersebut.[2] Pasukan Dahomey tetap meneruskan serangannya di kawasan tersebut, dan Prancis menanggapinya dengan menambah pasukan di Cotonou menjadi 359, dengan 299 di antaranya merupakan TirailleursSenegal dan Gabon yang dilatih oleh Prancis.[2] Dahomey mendengar kabar ini dan kemudian mengirim pasukan ke Cotonou. Namun, pasukan Dahomey mengalami kekalahan di Cotonou dan Atchoupa, dan pada tanggal 3 Oktober 1890 Dahomey menandatangani perjanjian yang mengakui Porto-Novo sebagai protektorat Prancis.[3]Béhanzin juga terpaksa menyerahkan Cotonou, tetapi ia menerima 20.000 franc setiap tahunnya karena telah mencabut hak cukainya.[3]
