Pengadilan Negeri Merauke (disingkat PN Merauke) merupakan sebuah lembaga peradilan di lingkungan peradilan umum yang berkedudukan di Merauke. Sebagai pengadilan tingkat pertama, PN Merauke berfungsi untuk memeriksa, memutus, dan menyelesaikan perkara pidana dan perdata bagi rakyat pencari keadilan di wilayah hukumnya. PN Merauke merupakan pengadilan kelas II. Sejak Mei2018, Ketua PN Merauke dijabat oleh Orpa Marthina.
PN Merauke memiliki struktur organisasi sebagai berikut:[3]
Pimpinan
Ketua PN
Wakil Ketua PN
Majelis Hakim
Hakim Karier
Hakim Ad Hoc
Panitera
Panitera Muda Perdata
Panitera Muda Pidana
Panitera Muda Perikanan
Panitera Muda Hukum
Jabatan Fungsional
Panitera Pengganti
Jurusita/Jurusita Pengganti
Pranta Peradilan
Sekretariat
Subbagian Perencanaan, Teknologi Informasi, dan Pelaporan
Subbagian Kepegawaian, Organisasi, dan Tata Laksana
Subbagian Umum dan Keuangan
Jabatan Fungsional
Arsiparis
Pustakawan
Pranata Komputer
Bendahara
Pengadilan Khusus
PN Merauke memiliki satu pengadilan khusus, yaitu pengadilan perikanan. Pengadilan Perikanan di PN Merauke dibentuk melalui Keputusan Presiden Nomor 6 Tahun 2014. Dengan dibentuknya pengadilan perikanan tersebut, PN Merauke bertugas dan berwenang memeriksa dan memutus tindak pidana dibidang perikanan di wilayah hukumnya. Wilayah hukum pengadilan perikanan di PN Merauke sama dengan wilayah hukum PN Merauke.[4]