Pasangan calon nomor urut 1 (Muhammad Farrel Adhitama - Thaib Djalaluddin) mengajukan gugatan PHPU ke Mahkamah Konstitusi yang diterima pada Rabu, 11 Desember 2024 setelah penetapan hasil pemilihan umum Bupati dan Wakil Bupati Halmahera Timur tahun 2024. Mahkamah Konstitusi menolak gugatan tersebut pada 4 Februari 2025.[2]
Penetapan pasangan calon terpilih
Pasangan calon nomor urut 2 (Ubaid Yakub - Anjas Taher) ditetapkan sebagai Bupati dan Wakil Bupati Terpilih Halmahera Timur oleh KPU Kabupaten Halmahera Timur pada tanggal 6 Februari 2025 berdasarkan Keputusan KPU Kabupaten Halmahera Timur No. 5 Tahun 2025.