Istilah pemerintahan bayangan (disebut juga kriptokrasi) di luar makna partai politik bisa mengacu pada sesuatu yang kadang disebut "pemerintahan rahasia" atau "pemerintahan tak terlihat". Ide ini didasarkan pada pernyataan bahwa kekuasaan politik yang sejati dan aktual tidak dimiliki oleh perwakilan yang dipilih masyarakat (misalnya Kongres Amerika Serikat), melainkan orang-orang yang memegang kekuasaan di balik layar di luar institusi demokratis. Menurut kepercayaan ini, pemerintahan yang terpilih secara resmi sebenarnya hanya kaki tangan pemerintahan bayangan yang merupakan pelaksana kekuasaan eksekutif yang sejati.
Milton William Cooper mengklaim bahwa pemerintahan rahasia bekerja sama dengan alien ekstraterestrial. Buku Behold A Pale Horse yang ditulisnya tahun 1991[5][6] influential among "UFO and militia circles",[7] menjelaskan "perilaku pemerintahan dunia rahasia" dan "beragam aktivitas tersembunyi lainnya yang dikaitkan dengan deklarasi perang Illuminati terhadap rakyat Amerika Serikat".[8] Saat berdinas di Angkatan Laut, Cooper mengaku pernah melihat dokumen rahasia yang membahas keterkaitan pemerintah dengan alien. Cooper menghubungkan Illuminati dengan kepercayaannya bahwa makhluk luar angkasa diam-diam terlibat dalam pemerintahan A.S., tetapi klaim ini langsung dicabut. Ia menduga Dwight D. Eisenhower menegosiasikan perjanjian dengan makhluk luar angkasa pada tahun 1954, lalu membentuk lingkaran terdalam Illuminati untuk membina hubungan dengan mereka dan merahasiakan keberadaan mereka dari publik. Cooper percaya bahwa alien "memanipulasi dan/atau menguasai umat manusia melalui berbagai perkumpulan rahasia, agama, sihir, jampi-jampi, dan okultisme" dan bahwa Illuminati pun juga dimanipulasi oleh mereka.[5]
Cooper mendeskripsikan Illuminati sebagai organisasi rahasia internasional yang dikendalikan Bilderberg Group dan bekerja sama dengan Knights of Columbus, Freemasonry, Skull and Bones, dan organisasi lainnya. Menurut Cooper, tujuan utama mereka adalah mendirikan Tatanan Dunia Baru. Ia juga mengatakan bahwa para konspirator Illuminati tidak hanya mengarang ancaman alien demi keuntungan pribadi, tetapi juga aktif bersekongkol dengan makhluk luar angkasa untuk mengambil alih dunia.[5] Cooper meyakini bahwa nasib James Forrestal yang jatuh dari jendela lantai 16 Bethesda Hospital terkait dengan komite rahasia Majestic-12. Ia juga percaya bahwa para ilmuwan grup penasihat JASON berada di bawah kendali komite eksekutif Trilateral Commission dan Council on Foreign Relations yang merupakan anggota senior Illuminati.[9][10]
Dalam novel Coningsby, Benjamin Disraeli menyatakan bahwa, "Dunia dipimpin oleh orang-orang penting yang tidak sama dengan yang dibayangkan oleh orang-orang yang tidak terlibat di balik layar". Salah satu definisi pemerintahan rahasia adalah "pemerintahan rahasia di dalam pemerintahan". Pemerintahan rahasia ini adalah pemerintahan "sejati" yang mengendalikan agenda pemerintah yang sah dan terlihat. Jaringan orang-orang yang membentuk pemerintahan rahasia ini diikat oleh agenda bersama yang hanya diketahui oleh mereka dan/atau orang yang mereka wakili. Agenda tersebut bisa jadi merupakan agenda perkumpulan rahasia yang telah menyusup ke pemerintahan (misalnya Freemason, Skull and Bones, atau Illuminati) dan agenda jaringan tersebut hanya diketahui oleh para anggota yang terikat oleh sumpah kerahasiaan.
↑Chatham House (RIIA) dan CFR, organisasi kembarannya di Amerika Serikat, adalah fokus utama buku The Anglo-American Establishment karya Quigley.
↑CFR sebagai institusi sentral bagi pemerintahan rahasia Amerika Serikat adalah fokus utama buku The Shadows of Power karya James Perloff
↑Jim Marrs mengutip semua institusi di paragraf ini dalam studinya, Rule By Secrecy, yang diterbitkan oleh Harper Collins.
↑Institusi perbankan internasional dianggap kritis terhadap campur tangan kekuasaan rahasia yang tidak akuntabel pada urusan dalam dan luar negeri oleh Quigley (see Tragedy and Hope), E.C. Knuth (The Empire of The City), Eustace Mullins (Secrets of The Federal Reserve), Henry Makow, Des Griffin, Antony Sutton, G. Edward Griffin.