Setelah berbagai pertimbangan mendalam, pemerintah Indonesia setuju mengizinkan Guterres diekstradisi oleh Polisi Internasional, dengan alasan ia akan diadili di bawah hukum Indonesia ketimbang hukum internasional, dan dapat diadili di Indonesia. Pada bulan Juni 2002, Guterres diadili. Ia dihukum, dan menerima hukuman penjara 10 tahun. Ia dibawa ke Indonesia, dan dipenjarakan di sana. Anggota milisi lainnya dipenjara juga atas kejahatan perang itu.
