Paus Inosensius IX (Latin: Innocentius IXcode: la is deprecated ; Italia: Innocenzo IXcode: it is deprecated ; 20 Juli 1519– 30 Desember 1591), lahir Giovanni Antonio Facchinetti, adalah kepala Gereja Katolik dan penguasa Negara Kepausan dari tanggal 29 Oktober hingga 30 Desember 1591.
Dia memasuki dinas Kardinal Alessandro Farnese yang berpengaruh. Sebagai utusan kepausan untuk Republik Venesia, ia membantu menegosiasikan pembentukan Liga Suci (1571), aliansi kekuatan maritim Spanyol dan Italia untuk menantang kendali Kekaisaran Ottoman atas Mediterania timur, dan yang menghasilkan kemenangan di Pertempuran Lepanto.