Desa Pantirejo merupakan dataran rendah yang memiliki ketinggian posisi di antara 80–86 m di atas permukaan laut. Sebagian besar wilayanya adalah persawahan yang subur penghasil makanan pokok beras (Padi). Pada umumnya wilayah Pantirejo tidak memiliki sistem irigasi permanen untuk mengairi sawah, yaitu lebih mengutamakan pengairan tadah hujan di mana untuk mengairi tanaman menggunakan air hujan atau air sumur.
