Luas wilayah Kelurahan Pajagalan adalah 0,65 km2. Wilayahnya mencakup 2,35% dari total luas Kecamatan Kota Sumenep.[1] Kelurahan Pajagalan terletak di dataran rendah yang bukan pantai.[2] Wilayah Kelurahan Pajagalan berada di ketinggian 12 meter di atas permukaan laut.[3] Kelurahan Pajagalan memiliki wilayah yang terbagi menjadi dua lingkungan. Kedua lingkungan ini terbagi lagi menjadi 5 rukun warga dan 12 rukun tetangga.[4]
↑Handining, Rahardi (2014). "Jejak Sejarah Pemerintahan di Sumenep". Dalam Azis, Nasru Alam (ed.). Indonesia dalam Infografik. Jakarta: Penerbit Buku Kompas. hlm.54. ISBN978-979-709-841-4. Pemeliharaan CS1: Status URL (link)
