Suku ini berasal dari Mali, di mana Mandinka memperoleh kemerdekaan dari Kekaisaran Mali sebelumnya pada abad ketiga belas, dan mendirikan sebuah kerajaan yang membentang di Afrika Barat. Mereka bermigrasi barat dari Sungai Niger untuk mencari lahan pertanian yang lebih baik dan lebih banyak kesempatan untuk penaklukan. Melalui serangkaian konflik para jihad Fula, terutama yang dipimpin Keimaman Futa Jallon, sekitar setengah dari populasi Mandinka dikonversi dari keyakinan adat ke Islam . Selama abad ke-16, 17 dan 18 sebanyak sepertiga dari penduduk Mandinka diperbudak dan dikirim ke Amerika melalui penangkapan dalam konflik dan karena sebagian besar dari Afrika-Amerika di Amerika Serikat adalah keturunan dari orang-orang Mandinka.
