National Soccer League 1999–2000 adalah edisi ke-24 dari penyelenggaraan National Soccer League, turnamen liga sepak bola tertinggi di Australia. South Melbourne merupakan juara bertahan setelah menjadi juara pada edisi sebelumnya. Pada kompetisi reguler, Perth Glory menjadi pemuncak klasemen. Musim ini dimenangkan oleh Wollongong Wolves, setelah mengalahkan Perth Glory pada pertandingan final dengan skor 3–3 (7–6 on penalties).
