Terminal bandar udara dan landasan pacu arah 14/32 terletak di pulau terpisah, sedangkan landasan pacu pendek arah 18/36 yang sekarang digunakan oleh Angkatan Laut Bela Diri Jepang yang dikhususkan untuk helikopter terletak di pulau utama. Panjang landasan pacu utama bandar udara ini adalah 3.000 meter, sedangkan landasan pacu lainnya memiliki panjang 1.326 meter.[2]
Sejarah
Pada tahun 1923, bandara ini dibuka khusus untuk kepentingan penerbangan militer. Pada tahun 1955, bandara ini memulai penerbangan sipil bersama sebagai Bandar Udara Omura (大村空港code: ja is deprecated , Ōmura kūkō).
Landasan pacu dan terminal bandar udaranya dibuka kepada publik pada tanggal 1 Mei1975. Walaupun Bandar Udara Nagasaki hampir mirip dengan bandar udara lain di pulau Jepang lainnya seperti Bandar Udara Internasional Kansai, Bandar Udara Kobe, Bandar Udara Kitakyushu, dan Bandar Udara Internasional Centrair Chubu, pulau Nagasaki memiliki bentuk yang berbeda sebelum bandar udara ini dibangun. Pembangunan Bandar Udara Nagasaki membutuhkan perataan bukit-bukit di Nagasaki dan membutuhkan penimbunan lagi di sekitar pantai Nagasaki seluas 1,54km2.
Kecelakaan penerbangan
Pada tanggal 9 Februari1996, sebuah pesawat bertipe Pilatus Britten-Norman BN-2B-20 Islander dengan nomor registrasi JA5322 mengalami kecelakaan dalam perjalanan ke bandar udara ini.[3] Pesawat milik Nagasaki Airways ini berangkat dari Bandar Udara Fukuoka pada pukul 12.52 waktu setempat menuju Nagasaki.[3] Dalam perjalanannya, pesawat ini berhadapan dengan cuaca salju yang lebat. Pilot yang memimpin penerbangan ini tiba-tiba melihat sebuah punggung bukit di depannya dan berusaha untuk menghindarinya. Namun, pesawat yang ia kemudikan jatuh ke barisan pepohonan di Puncak Takami.[3] Menurut laporan, tidak ada korban jiwa dalam kecelakaan ini.[3]
