Pada tahun 1981, Scholes menerima kedudukan di Fakultas Bisnis dan Fakultas Hukum Universitas Stanford pada 1983. Bersama dengan Mark Wolfson, Scholes mengembangkan teori baru untuk perencanaan pajak di bawah ketakpastian. Wolfson dan Scholes menerbitkan penemuan mereka dalam Taxes and Business Strategy: A Planning Approach (1992).
Ia adalah salah satu pengarang persamaan Black-Scholes (diturunkan bersama Fisher Black) yang terbit pada 1973. Black-Scholes ialah model bermacam hadiah selama masa instrumen keuangan (di saham tertentu) yang kini juga digunakan dalam manajemen dan hipotek risiko.