KM Putri Ayu diperkirakan tenggelam disebabkan kelebihan muatan, ditambah dengan gelombang besar serta mesin kapal mati.[1] Tim SAR yang terdiri dari Badan Penanggulangan Bencana Daerah, masyarakat, Polisi, dan instansi terkait melakukan pencarian dan evakuasi hingga tanggal 25 Juni2012.[4] KM Putri Ayu berdasarkan manifestasi kapal mengangkut 38 orang yang terdiri dari 27 penumpang dan 11 orang ABK,[2] tetapi berdasarkan kesaksian di lapangan, KM Putri Ayu mengangkut 72 orang yang terdiri dari 60 penumpang dan 12 orang ABK.[5] Akibat tenggelamnya KM Putri Ayu menyebabkan 14 orang tewas.[6]