Muara Batang Toru adalah salah satu kecamatan yang berada di Kabupaten Tapanuli Selatan, provinsi Sumatera Utara, Indonesia. Ibu kota kecamatan ini berada di desa Huta Raja. Kecamatan Muara Batang Toru, satu-satunya kecamatan di kabupaten Tapanuli Selatan yang berada di tepi laut. Kecamatan ini juga berbatasan dengan kabupaten Tapanuli Tengah dan kabupaten Mandailing Natal.
Pembagian administratif
Terdapat 3 kelurahan dan 6 desa di kecamatan Muara Batang Toru, yakni;