Berikut ini adalah dukuhan yang ada di Desa Mrayun, diantaranya:
Krajan
Salaman
Brogo
Mendalan
Kencar
Karang Lor
Ngablak
Kluweh
Mrayun Tengah
Ngasinan
Kowang
Dukuhan-dukuhan tersebut memiliki karakteristik masing-masing. Misalnya, Dukuh Krajan merupakan pusat pemerintahan dan perekonomian Desa Mrayun.
Batas wilayah
Secara geografis, Desa Mrayun berbatasan dengan Desa Joho dan Sale di sebelah utara, Desa Jinanten di sebelah barat, Desa Bancang dan Ngajaran di sebelah selatan, dan di timur berbatasan langsung dengan provinsi Jawa Timur.