Kota ini kemungkinan didirikan pada tahun 1260 oleh Raja Ottokar II dari Bohemia. Moravský Krumlov mencapai puncak kejayaannya pada abad ke-16 saat kota tersebut menjadi tempat tinggal Penguasa Leipa. Pada tahun 1622, Wangsa Liechtenstein memperoleh kastil di kota ini.
