Sejarah
Masjid ini merupakan sebuah masjid berumur sangat tua yang didirikan pada tahun 1480 oleh Syarif Abdurrahman atau Pangeran Panjunan. Ia adalah seorang keturunan Arab yang memimpin sekelompok imigran dari Bagdad, dan kemudian menjadi murid Sunan Gunung Jati. Masjid Merah Panjunan terletak di sebuah sudut jalan di Kampung Panjunan, kampung di mana terdapat banyak perajin tembikar atau jun.
Masjid Panjunan semula bernama Musholla Al-Athya namun karena pagarnya yang terbuat dari bata merah menjadikan masjid ini lebih terkenal dengan sebutan Masjid Merah Panjunan. Awalnya masjid ini merupakan tajug atau musholla sederhana, karena lingkungan tersebut adalah tempat bertemunya pedagang dari berbagai suku bangsa.