Awalnya masjid ini sempat berganti nama menjadi Masjid Agung Balaikota pada era Wali kotaNur Mahmudi Ismail. Namun usulan tersebut ditolak oleh organisasi Nahdlatul Ulama Kota Depok[3] dikarenakan Ismail dinilai secara tidak langsung akan menghilangkan nilai sejarah[4] perjuangan, yang pada masanya pembangunannya tidak dibiayai sama sekali oleh pemerintah, dan secara tiba-tiba pemerintah kota mengakuinya sebagai masjid balaikota mereka.[5][6]
