Ziguélé awalnya dicegah mengikuti PilPres 2005, bersama dengan 6 calon lainnya, oleh pengadilan yang berkuasa pada tanggal 30 Desember2004. Ia kemudian dinyatakan kembali sebagai calon oleh Bozizé, bersama dengan 2 calon lainnya, pada tanggal 4 Januari.[2] Kemudian, pada bulan Januari, semua calon yang dilarang kecuali Ange-Félix Patassé, diizinkan berpacu kembali; menyusul peristiwa ini, partai Patassé, MLPC, mendukung Ziguélé untuk pemilu itu. Sebelumnya, ia telah berpacu sebagai independen.[3] Pemilihan itu diselenggarakan pada tanggal 13 Maret2005, dan Ziguélé ada di urutan ke-2 dengan 23,5% suara menurut hasil resmi.[4] Ia menghadapi François Bozizé i putaran pemilihan ke-2, dan mencoba menjauhkan diri dari Patassé dalam kampanye, tetapi dikalahkan dan mendapat 35,4% suara.
Ziguélé diangkat sebagai Presiden MLPC pada sementara waktu selama 1 tahun pada kongres luar biasa partai itu pada akhir bulan Juni 2006, sedang Patassé disingkirkan dari partai itu.[5][6][7] Pada tanggal 23 Juni2007, di akhir kongres istimewa III MLPC,[7] Ziguélé dipilih sebagai presiden selama 3 tahun.[8]
Pada Oktober 2021, Koalisi COD-2020, partai Patrie Crépin Mboli-Goumba dan Gerakan Pembebasan Rakyat Afrika Tengah pimpinan Martin Ziguélé menarik perwakilan mereka dari panitia penyelenggara dan mengecam “keinginan untuk menyabotase Dialog”.
