Miki adalah seorang gadis polos yang sederhana. Dunianya berubah ketika mengetahui bahwa orang tuanya hendak bercerai untuk bertukar pasangan dengan keluarga Matsuura yang mereka jumpai di Hawaii. Kedua keluarga itu akhirnya memutuskan untuk tinggal bersama-sama dalam satu rumah. Keluarga Matsuura ternyata memiliki seorang anak laki-laki bernama Yuu yang sebaya dengan Miki.
Sejak awal, Miki sudah menyukai Yuu, tetapi tampaknya Yuu tidak bersungguh-sungguh menyukai Miki. Di sekolah, Ginta, orang yang pernah menolak Miki dua tahun lalu, merasa cemburu terhadap Yuu. Ia mengatakan bahwa dulu ia menolak Miki karena kesalahpahaman dan sebenarnya ia menyukai gadis itu. Namun, ketika didesak untuk mengambil keputusan, ternyata Miki memilih Yuu. Kisah cinta segitiga ini bertambah rumit ketika Arimi, mantan pacar Yuu, muncul. Sementara itu, Akizuki Meiko, sahabat karib Miki, sedang menghadapi persoalan karena ia menyukai gurunya, Shinichi Namura, suatu hal yang dianggap tabu untuk dilakukan.
Tokoh-tokoh
Koishikawa Miki: Gadis yang polos dan lugu yang pandai main tenis tetapi tak pandai memasak.
Matsuura Yuu: Anak pasangan Matsuura yang tinggal bersama-sama keluarga Miki.
Suou Ginta: Teman yang pernah disukai Miki namun menolak gadis itu dua tahun lalu.
Di Taiwan, Marmalade Boy dibuat menjadi serial drama sebanyak 30 episode berjudul 橘子將男孩 (pinyin: Júzǐjiāng Nánhái). Serial ini dibintangi oleh Stella sebagai Miki and Ken Zhu, anggota kelompok musik F4, sebagai Yuu. Stella juga menyanyikan lagu tema serial ini, yaitu "溫室的花 Wēnshì de Huā (Greenhouse Flower)". Meskipun garis besar ceritanya serupa, banyak tokoh dalam anime yang tak muncul dalam serial ini dan kisah cinta segitiganya sangat disederhanakan.
Game
Game Super Famicom dari cerita ini diluncurkan di Jepang pada tahun 1995. Dalam game ini, pemain memerankan tokoh Miki dan berusaha menaklukkan hati salah seorang dari ketiga tokoh utama pemuda dalam cerita, yaitu Yuu, Ginta, dan Kei. Game ini dikritik sebagai tiruan dari seri game terkenal Tokimeki Memorial keluaran Konami. Terdapat juga game untuk Game Boy yang berdasarkan cerita ini.
