Halte Mampang Prapatan dioperasikan pertama kali bersama dengan peluncuran Koridor 6. Saat dioperasikan, halte memiliki fasad yang sangat ramping dan terbuka, tetapi tidak tinggi seperti halte-halte di Koridor 11 dan 13. Berada di sisi utara jembatan penyeberangan orang (JPO), halte terdiri atas 2 pintu dermaga di tiap sisi peronnya dengan posisi yang saling bersilangan antarperon. Akses menuju ke dalam halte pun ditempuh melalui gedung tiket yang ada di lantai atas halte dekat dengan JPO. Karena peningkatan okupansi, halte pun sempat dibangunkan perpanjangan peron ke arah utara sekaligus menambah 3 pintu dermaga pada tiap sisi peronnya.
Halte Mampang Prapatan kemudian dipindahkan ke sisi selatan jembatan penyeberangan orang sejak 17 Agustus2017, berikut dengan gedung tiketnya. Bangunan halte telah direlokasi ke sebelah selatan karena bangunan halte yang lama akan dihancurkan sehubungan dengan pembangunan terowongan (underpass) Mampang—Kuningan Jalan H.R. Rasuna Said. Fasad bangunan halte setelah dipindahkan menjadi seperti halte-halte di Koridor 11. Pemindahan halte ini juga bersamaan dengan diresmikannya Koridor 13 dan juga pemindahan Halte Underpass Lebak Bulus yang diakibatkan oleh pembangunan terowongan Jalan Sultan Iskandar Muda. Setelah bangunan baru diresmikan, halte ini juga disebut dengan Halte Mampang (tanpa kata Prapatan).
Bangunan dan tata letak
Halte Mampang Prapatan yang baru telah diperluas dengan jumlah pintu dermaga menjadi 6 buah di tiap sisinya. Terdapat pula fasilitas toilet di ujung halte.