Sebelum Malut United FC, sepak bola di Maluku untuk waktu lama telah mengenal Persiter Ternate yang berdiri tahun 1958 sebagai klub sepak bola yang berasal dari Maluku Utara, dan menjadi kebanggaan bagi masyarakat Ternate khususnya. Saat ini Persiter Ternate bermain di Liga 4 Zona Maluku Utara.
Klub sepak bola Malut United FC yang saat ini, sebelumnya berdiri dengan nama Putra Jombang FC yang kemudian berganti nama menjadi Putra Delta Sidoarjo FC untuk mengarungi Liga 3 Jawa Timur musim 2021.
Pada tahun 2022, Putra Delta Sidoarjo FC yang baru didirikan berhasil promosi ke kasta kedua Liga Indonesia yakni Liga 2.[4]
Putra Delta Sidoarjo FC dijual oleh pemiliknya menyusul ketidakjelasan Liga 2 2022–2023 dan selanjutnya berganti nama menjadi Maluku Utara United FC pada 30 Januari 2023. Malut United mulai menjalani debutnya di ajang Liga 2 2023–2024 yang dimulai pada November 2023.[5]
Secara mengejutkan tim yang terbilang baru Malut United mencatatkan prestasi setelah sukses meraih peringkat ketiga di liga dan berhasil untuk promosi dan bermain di Liga 1 musim 2024–2025.
Per pertandingan yang dimainkan pada 11 Mei 2026. Sumber: Super League 2025–2026 Kriteria penentuan peringkat: 1) Poin; 2) Poin satu-lawan-satu; 3) Selisih gol satu-lawan-satu; 4) Gol yang dicetak satu-lawan-satu; 5) Selisih gol; 6) Gol yang dicetak; 7) Poin fair-play; 8) Undian.
[7] Catatan:
Pertandingan antara klub Liga 1 Malut United dan PSM Makassar merupakan rivalitas baru. Kedua klub ini berasal dari Indonesia Timur dan memiliki warna logo serta seragam kandang yang sama, sehingga pertandingan ini dijuluki Derby Merah Indonesia Timur.[8] Pertandingan perdana antara keduanya baru berlangsung di Liga 1 musim 2024–2025, di mana baru setelah itu Malut United promosi dari Liga 2 musim 2023–2024 dengan status sebagai juara ketiga.[9] Pertandingan pada 17 Desember 2024 berakhir dengan hasil imbang 2–2 di Stadion Gelora Kie Raha, itu adalah pertandingan pertama antara keduanya.[10]
