MH653 berangkat dari Bandara Penang pukul 19.21 waktu setempat menuju Kuala Lumpur (Bandara Subang) (sekarang Sultan Abdul Aziz Shah Airport). Kira-kira menjelang pukul 8 malam, menjelang pendaratan di Bandara Subang, seorang pembajak yang belakangan diketahui berasal dari Jepang membajak menara pengawas di Bandara Subang.
Pesawat kemudian diarahkan ke Singapura, tetapi tidak pernah sampai. Pesawat akhirnya kehilangan kontak pukul 20.15.
Penduduk Kampong Ladang, Tanjong Kupang di Johor mendengar suara ledakan dan api di atas rawa. Belakangan diketahui bahwa bangkai pesawat yang terbakar itu adalah pesawat MH653.
Artikel bertopik sejarah ini adalah sebuah rintisan. Anda dapat membantu Wikipedia dengan mengembangkannya.