Majelis Mujahidin Indonesia (MMI) adalah organisasi payung yang menaungi berbagai kelompok Islamis di Indonesia. Tujuan pendirian organisasi ini adalah untuk menuntut penegakan syariat Islam di Indonesia. Organisasi ini lahir setelah diselenggarakannya Kongres Mujahidin Indonesia I dari 5 hingga 7 Agustus 2000 yang dihadiri sekitar 1.500 orang. Organisasi ini dibentuk oleh Abu Bakar Ba'asyir pada tahun yang sama.
Ba'asyir menjadi "amir" (pemimpin) MMI hingga akhirnya ia mundur pada tahun 2008. Ia mundur karena menurutnya sistem organisasi MMI sudah tidak sesuai dengan syariat Islam.[1]