Ayah Malan adalah profesor biokimia di Universitas Pretoria dan kemudian Anggota Parlemen (1948–1966) dan Deputi Jurubicara dan Ketua Komite (1961–1966) Dewan Majelis.
Ia memulai pendidikan sekolah tingginya di Afrikaanse Hoër Seunskool namun kemudian berpindah ke Brigade Pendidikan Fisika Dr Danie Craven di Kimberley, di mana ia menyelesaikan matrikulasinya. Ia ingin bergabung dengan pasukan bersenjata Afrika Selatan setelah matrikulasinya, tetapi ayahnya memintanya untuk menyelesaikan pembelajaran universitasnya. Akibat dari nasihat tersebut, Malan masuk ke Universitas Stellenbosch pada 1949 untuk meraih gelar Sarjana Komersial. Namun, ia kemudian berpindah ke Stellenbosch dan masuk Universitas Pretoria, di mana ia mendapatkan gelar a B.Sc. Mil. Ia lulus pada 1953.
Pada 1962, Malan menikah dengan Magrietha Johanna van der Walt; pasangan tersebut memiliki dua putra dan satu putri.
Kematian
Jenderal Magnus Malan wafat dengan damai di rumahnya pada Senin 18 Juli 2011. Ia meninggalkan istrinya, 3 anak dan 9 cucu.[2][3]
