Madrid CFF berdiri pada tahun 2010. Klub ini didirikan oleh Alfredo Ulloa dan memilih warna putih sebagai warna tim karena terinspirasi dari Real Madrid, meskipun tim ini tidak mempunyai hubungan, selain sama-sama dari Kota Madrid.[1] Beberapa Media di Spanyol memperkirakan bahwa klub ini akan diakusisi oleh Real Madrid pada tahun 2014, kabar tersebut tidak pernah terjadi.[2]
Di tahun 2013, setelah bermain selama tiga musim di liga regional, klub ini akhirnya mendapatkan promosi ke Segunda División (saat itu divisi kedua). Setelah promosi, klub ini berkandang di Estadio Matapiñonera di San Sebastián de los Reyes.
Madrid CFF bermain di Primera Division (divisi utama) untuk pertama kalinya pada musim 2017–2018.[3]
