Pada 1980, MTI Bayur mengalami kekurangan santri dan pengajar sehingga beberapa mata pelajaran kitab kuning ditiadakan. Pada waktu yang sama, MTI Bayur secara resmi mengikuti jurusan IPS sebagai dampak dari kebijakan masa itu yang mengharuskan jurusan sesuai dengan sekolah negeri terdekat. MTI Bayur akhirnya kembali kepada jurusan agama pada 2007.[1] Beberapa mata pelajaran yang sempat dihapuskan seperti balagah dan tarikh diajarkan kembali di MTI Bayur.[3]
Pendidikan
Program studi yang berlaku di MTI Bayur sama dengan yang diterapkan oleh MTI Canduang dan MTI-MTI lainnya, yakni program Tarbiyah selama tujuh tahun diiringi dengan program Tsanawiyah pada kelas II-IV Tarbiyah dan Aliyah pada kelas V-VII Tarbiyah. Kurikulum yang dipakai adalah perpaduan antara kurikulum dari kitab-kitab kuning dengan kurikulum dari Kementerian Agama Republik Indonesia.[4]