Sebelum belajar di Australia, Assyaukanie bekerja sebagai penyunting di majalah Ummat, majalah mingguan Islam. Pada tahun 2001, bersama dengan Ulil Abshar Abdalla, ia mendirikan Jaringan Islam Liberal (JIL). Saat mengajar di Universitas Paramadina, ia juga bekerja di Freedom Institute di Jakarta.
Publikasi
Assyaukanie menulis dua buku dan ratusan artikel tertulis dalam bahasa Indonesia. Artikelnya diterbitkan di majalah dan koran nasional, seperti Tempo, Kompas, Media Indonesia, dan Jawa Pos. Ia menyumbang sekitar lima puluh entri di dua ensiklopedia Indonesia: Ensiklopedi Tematis Dunia Islam (Thematical Encyclopaedia of Islamic World). 7 vols. Jakarta: Ichtiar Baru van Hoeve, 2002; Ensiklopedi Islam Untuk Pelajar (Islamic Encyclopedia for Students). 6 vols. Jakarta: Ichtiar Baru van Hoeve, 2001.
Buku
Freedom, the State, and Development: Arief Budiman’s Essays (Editor and Foreword). Jakarta: Pustaka Alvabet, 2006. Details
Faces of Liberal Islam in Indonesia (Editor and Foreword). Jakarta: Jaringan Islam Liberal: Teater Utan Kayu, 2002. Details
Politics, Human Rights, and The Issues of Technology in Contemporary Islamic Law. Bandung: Pustaka Hidayah, 1998. Details
Artikel jurnal
"Democracy and the Islamic State: Muslim Arguments for Political Change in Indonesia". Vol 20 (2004). The Copenhagen Journal of Asian Studies.
"Bringing Fiqh Back to Urban Areas: Making Sense of Professor Sahal Mahfudh’s Idea of Social Fiqh". ICIP E-Journal, Volume 1, Number
Penghargaan
2002–2005 Australian Development Scholarship, Australia
2004 the Melbourne Abroad Travelling Scholarship, Australia
1993–1995 ISTAC Scholarship, Malaysia
1988–1993 Ministry of Education Scholarship, Jordan
1987–1988 Ministry of Awqaf and Islamic Affairs Scholarship, Jordan
